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Table 2 Overview of the quantitative protein results from the comparison of the two experiments

From: Quantitative proteomics comparison of arachnoid cyst fluid and cerebrospinal fluid collected perioperatively from arachnoid cyst patients

Accession number

Protein name

iTRAQ unique peptides

Label-free unique peptides

p

iTRAQ ratio

Individual average fold change

O94772

Lymphocyte antigen 6H

4

3

0,023

9,7

1,5

P13987

CD59 glycoprotein

4

3

0,033

5,6

1,6

P16070

CD44 antigen

4

3

0,026

2,3

2,0

P55058

Phospholipid transfer protein

17

7

0,026

2,2

2,2

P01033

Metalloproteinase inhibitor 1

7

4

0,019

2,0

2,0

O00584

Ribonuclease T2

14

3

0,010

2,0

2,3

P02747

Complement C1q subcomponent subunit C

2

4

0,013

1,9

1,4

P48745

Protein NOV homolog

9

3

0,011

1,9

1,7

P07602

Proactivator polypeptide

15

9

0,042

1,9

1,7

P10909

Clusterin

25

26

0,001

1,8

1,9

Q969P0

Immunoglobulin superfamily member 8

8

4

0,008

1,7

1,7

Q9Y6R7

IgGFc-binding protein

27

9

0,002

1,7

2,2

Q6UX71

Plexin domain-containing protein 2

14

3

0,008

1,6

1,8

Q02246

Contactin-2

35

19

0,011

1,6

2,2

P04066

Tissue alpha-L-fucosidase

11

2

0,009

1,6

2,7

Q96GW7

Brevican core protein

27

11

0,016

1,6

1,6

P08253

72 kDa type IV collagenase

31

5

0,005

1,6

1,9

Q15113

Procollagen C-endopeptidase enhancer 1

16

10

0,010

1,5

1,8

P08571

Monocyte differentiation antigen CD14

14

9

0,000

1,5

1,6

O75509

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21

7

3

0,018

1,5

1,6

P20062

Transcobalamin-2

11

2

0,036

1,5

2,9

Q12860

Contactin-1

44

18

0,003

1,5

1,6

P60174

Triosephosphate isomerase

15

8

0,020

0,6

0,4

Q99497

Protein DJ-1

15

4

0,036

0,5

0,4

P19827

Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1

19

7

0,032

0,5

0,3

P19823

Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H2

24

7

0,032

0,5

0,4

P06744

Glucose-6-phosphate isomerase

16

3

0,034

0,4

0,3

P09382

Galectin-1

5

4

0,041

0,4

0,4

P62258

14-3-3 protein epsilon

16

4

0,032

0,3

0,2

P63104

14-3-3 protein zeta/delta

14

3

0,027

0,3

0,3

P04040

Catalase

18

2

0,001

0,3

0,2

P62937

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A

11

4

0,022

0,3

0,2

P09211

Glutathione S-transferase P

9

6

0,029

0,3

0,3

P32119

Peroxiredoxin-2

12

4

0,001

0,3

0,1

P00558

Phosphoglycerate kinase 1

25

4

0,036

0,3

0,3

P02675

Fibrinogen beta chain

16

12

0,003

0,3

0,5

P08107

Heat shock 70 kDa protein 1A/1B

27

5

0,034

0,3

0,2

P02671

Fibrinogen alpha chain

14

8

0,001

0,3

0,5

P63261

Actin, cytoplasmic 2

21

5

0,020

0,2

0,1

P07437

Tubulin beta chain

8

2

0,033

0,2

0,2

P02679

Fibrinogen gamma chain

5

10

0,001

0,2

0,5

P02042

Hemoglobin subunit delta

14

7

0,008

0,2

0,1

P00915

Carbonic anhydrase 1

9

5

0,004

0,2

0,0

P68871

Hemoglobin subunit beta

14

12

0,006

0,2

0,0

P08670

Vimentin

33

27

0,027

0,2

0,1

P69905

Hemoglobin subunit alpha

10

13

0,003

0,1

0,0

  1. Proteins with different abundance between AC fluid and CSF, determined by significant (p < 0.05) differential abundance in individual label-free samples, as well as fold change +/− log2 (0.58) in both label-free and iTRAQ experiment.