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Table 2 Overview of the quantitative protein results from the comparison of the two experiments

From: Quantitative proteomics comparison of arachnoid cyst fluid and cerebrospinal fluid collected perioperatively from arachnoid cyst patients

Accession number Protein name iTRAQ unique peptides Label-free unique peptides p iTRAQ ratio Individual average fold change
O94772 Lymphocyte antigen 6H 4 3 0,023 9,7 1,5
P13987 CD59 glycoprotein 4 3 0,033 5,6 1,6
P16070 CD44 antigen 4 3 0,026 2,3 2,0
P55058 Phospholipid transfer protein 17 7 0,026 2,2 2,2
P01033 Metalloproteinase inhibitor 1 7 4 0,019 2,0 2,0
O00584 Ribonuclease T2 14 3 0,010 2,0 2,3
P02747 Complement C1q subcomponent subunit C 2 4 0,013 1,9 1,4
P48745 Protein NOV homolog 9 3 0,011 1,9 1,7
P07602 Proactivator polypeptide 15 9 0,042 1,9 1,7
P10909 Clusterin 25 26 0,001 1,8 1,9
Q969P0 Immunoglobulin superfamily member 8 8 4 0,008 1,7 1,7
Q9Y6R7 IgGFc-binding protein 27 9 0,002 1,7 2,2
Q6UX71 Plexin domain-containing protein 2 14 3 0,008 1,6 1,8
Q02246 Contactin-2 35 19 0,011 1,6 2,2
P04066 Tissue alpha-L-fucosidase 11 2 0,009 1,6 2,7
Q96GW7 Brevican core protein 27 11 0,016 1,6 1,6
P08253 72 kDa type IV collagenase 31 5 0,005 1,6 1,9
Q15113 Procollagen C-endopeptidase enhancer 1 16 10 0,010 1,5 1,8
P08571 Monocyte differentiation antigen CD14 14 9 0,000 1,5 1,6
O75509 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21 7 3 0,018 1,5 1,6
P20062 Transcobalamin-2 11 2 0,036 1,5 2,9
Q12860 Contactin-1 44 18 0,003 1,5 1,6
P60174 Triosephosphate isomerase 15 8 0,020 0,6 0,4
Q99497 Protein DJ-1 15 4 0,036 0,5 0,4
P19827 Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H1 19 7 0,032 0,5 0,3
P19823 Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H2 24 7 0,032 0,5 0,4
P06744 Glucose-6-phosphate isomerase 16 3 0,034 0,4 0,3
P09382 Galectin-1 5 4 0,041 0,4 0,4
P62258 14-3-3 protein epsilon 16 4 0,032 0,3 0,2
P63104 14-3-3 protein zeta/delta 14 3 0,027 0,3 0,3
P04040 Catalase 18 2 0,001 0,3 0,2
P62937 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A 11 4 0,022 0,3 0,2
P09211 Glutathione S-transferase P 9 6 0,029 0,3 0,3
P32119 Peroxiredoxin-2 12 4 0,001 0,3 0,1
P00558 Phosphoglycerate kinase 1 25 4 0,036 0,3 0,3
P02675 Fibrinogen beta chain 16 12 0,003 0,3 0,5
P08107 Heat shock 70 kDa protein 1A/1B 27 5 0,034 0,3 0,2
P02671 Fibrinogen alpha chain 14 8 0,001 0,3 0,5
P63261 Actin, cytoplasmic 2 21 5 0,020 0,2 0,1
P07437 Tubulin beta chain 8 2 0,033 0,2 0,2
P02679 Fibrinogen gamma chain 5 10 0,001 0,2 0,5
P02042 Hemoglobin subunit delta 14 7 0,008 0,2 0,1
P00915 Carbonic anhydrase 1 9 5 0,004 0,2 0,0
P68871 Hemoglobin subunit beta 14 12 0,006 0,2 0,0
P08670 Vimentin 33 27 0,027 0,2 0,1
P69905 Hemoglobin subunit alpha 10 13 0,003 0,1 0,0
  1. Proteins with different abundance between AC fluid and CSF, determined by significant (p < 0.05) differential abundance in individual label-free samples, as well as fold change +/− log2 (0.58) in both label-free and iTRAQ experiment.